ふるさと納税の確定申告のやり方｜必要書類と申告書の記入場所

ワンストップ特例が使えない人、使えたけれど期限に間に合わなかった人は、確定申告で寄附金控除を受けます。難しそうに見えますが、書く場所は申告書の2か所だけです。必要な書類と記入位置を具体的に整理します。

確定申告が必要になる人

次のいずれかに当てはまるなら、ふるさと納税の控除は確定申告で受けることになります。

• 自営業やフリーランスなど、もともと確定申告をしている
• 1年間の寄附先が6団体以上ある
• 医療費控除や住宅ローン控除の初年度手続きなどで申告をする
• ワンストップ特例の申請が1月10日に間に合わなかった
• 給与が2か所以上ある、給与以外の所得が一定額を超えるなど、申告義務がある

必要な書類

寄附先が多い年は、受領証明書の枚数もそのぶん増えます。ポータルサイトによっては、年間の寄附をまとめた「寄附金控除に関する証明書」を電子データで発行しており、これを受領証明書の代わりに使える場合があります。枚数が多い方は利用を検討してください。

申告書のどこに書くのか

ここが本記事の要点です。ふるさと納税は申告書の第二表にある2か所に記載します。片方だけだと住民税からの控除が正しく反映されないことがあります。

国税庁も、この2か所への記載を案内しています。ふるさと納税は所得税と住民税の両方から控除される制度なので、住民税側の欄を空欄のままにしないよう注意してください。

医療費控除と一緒に申告する場合

この組み合わせは非常に多く、そして注意点が2つあります。

1つめは、ワンストップ特例が無効になることです。医療費控除のために確定申告をした時点で、提出済みの申請はすべて効力を失います。ふるさと納税分も忘れず申告書に記載してください。

2つめは、控除上限額が下がることです。医療費控除で課税所得が減るため、ふるさと納税で自己負担2,000円に収まる上限も連動して下がります。医療費がかさんだ年は、寄附額を控えめにしておくほうが安全です。

会社員がはじめて申告する場合の流れ

普段は年末調整だけで完結している方でも、手順自体は難しくありません。

1. 源泉徴収票と寄附金受領証明書を手元に用意する
2. 国税庁の確定申告書等作成コーナー、またはe-Taxで作成を開始する
3. 画面の案内に沿って源泉徴収票の金額を入力する
4. 寄附金控除の欄で、寄附先と金額を入力する
5. 還付金の受取口座を入力して送信、または印刷して提出する

画面の案内に沿って入力していけば、前述の第二表2か所には自動的に反映されます。手書きで作成する場合だけ、記載位置を意識する必要があります。

提出の期限と、還付が戻る時期

確定申告の期間は原則として翌年2月16日から3月15日までです。ただし、申告の義務がなく還付を受けるためだけに申告する場合は、翌年1月1日から5年間提出できます。ワンストップの出し忘れに気づいたのが数年後でも、この期間内なら間に合います。

控除は2つの形に分かれて戻ってきます。所得税分は申告後おおむね1か月から1か月半ほどで指定口座に還付され、住民税分は翌年6月以降に納める住民税が減額される形になります。現金がまとめて戻るわけではない点は理解しておいてください。

e-Taxを使う場合

マイナンバーカードとスマートフォンがあれば、オンラインで完結できます。画面の案内に沿って源泉徴収票の金額を入力し、寄附先と寄附金額を入力していく流れです。前述の電子証明書（寄附金控除に関する証明書）のデータを取り込めば、寄附ごとの入力を省ける場合もあります。

書面で提出する場合は、受領証明書を添付して税務署へ郵送または持参します。

よくあるミス

住民税側の欄を書き忘れる

最も多いミスです。所得税分だけ控除され、住民税分が反映されないという結果になります。提出前に第二表の2か所を必ず見直してください。

ワンストップ申請済みの分を書き漏らす

申請済みだから書かなくてよい、と誤解しやすい部分です。確定申告をする時点でワンストップは無効なので、全件を記載します。

受領証明書を捨ててしまう

返礼品と別便で届くため、うっかり処分してしまう例が少なくありません。再発行に対応している自治体もありますが、時間がかかります。寄附したら専用の封筒や箱にまとめておくのが確実です。

会社員がe-Taxで寄附金控除だけ追加する最短ルート

年末調整済みの会社員が、ふるさと納税の寄附金控除だけを追加するときの流れです。国税庁の確定申告書等作成コーナー（e-Tax）を使う前提で整理します。

1. マイナンバーカードとスマホ（またはICカードリーダ）を用意し、利用者登録、ログインする
2. 作成コーナーで「所得税」を選び、給与所得者向けの案内に進む
3. 源泉徴収票の支払金額、所得控除、源泉徴収税額などを画面どおり転記する
4. 所得控除の入力で「寄附金控除」を開き、寄附先、寄附日、金額を入力する（電子控除証明書があれば取り込む）
5. 住民税、事業税に関する事項で、都道府県、市区町村への寄附（特例控除対象）にも同額が入っていることを確認する
6. 還付金の受取口座を本人名義で入力する
7. 内容を確認して送信し、受信通知を保存する。書面提出なら印刷して添付書類とともに提出する

画面の分岐を飛ばさず進めれば、第二表の2か所への反映は作成コーナー側で行われます。送信後は受信通知と申告データの控えを保管してください。

還付金が少ないときに疑うポイント

想定より還付が少ない、あるいは住民税の減額が弱いと感じたときは、次をチェックしてください。

• 第二表の「住民税に関する事項（特例控除対象）」に金額が入っているか
• ワンストップ提出済み分を含む、その年の寄附を全件入力したか
• 寄附金額の合計が受領証明書（または電子証明書）と一致しているか
• 医療費控除などで課税所得が下がり、ふるさと納税の上限、控除額も連動して減っていないか
• 還付は所得税分のみで、住民税分は翌年6月以降の減額として現れることを理解しているか
• 寄附者名義と申告者名義が一致しているか（家族名義の混在がないか）

必要書類の提出方法比較（紙提出とe-Tax）

まとめ

• 寄附先が6団体以上、または他の理由で申告する人は確定申告で控除を受ける
• 確定申告をするとワンストップ特例は無効。その年の寄附を全件記載する
• 記載するのは第二表の2か所。住民税側の欄を空欄にしない
• 還付だけが目的の申告なら、翌年1月1日から5年間提出できる
• 所得税は還付、住民税は翌年6月以降の減額という形で戻る

ワンストップ特例の手順はワンストップ特例の申請方法、上限額の考え方はふるさと納税の控除上限額にまとめています。

本記事は2026年9月時点の公開情報をもとに作成しています。申告書の様式や手続きは変更される場合があります。申告の前に国税庁の公式情報をご確認ください。個別の税務判断については税理士等にご相談ください。